デスメタルのゾイド開発研究施設ロウヤに捕まってしまうアラシとワイルドライガー。そこで出会った、自称ゾイド博士のオニギリ。彼は相棒ゾイドのプロガノケリス種・ガノンタスを実験台に、デスメタルキー作りを手伝わされていた。実験で苦しむゾイド達を見たアラシの怒りは頂点に！